はじめまして、のりたかさん。
大変返信が遅くなり申し訳ありません。

＞特定口座源泉徴収なしの場合、配当があった場合でも徴収されていない年間取引報告書が送付されます。
自分は特定口座源泉徴収なしの口座を持っていませんが、配当は特定口座の源泉徴収ありなしに関わらず税金が源泉徴収されるのではないでしょうか。
https://www.live-sec.co.jp/comFaqDetail.htm?tid=748

＞上場株式等の配当所得等は総合課税、分離課税０円、住民税の源泉徴収額０円
配当は源泉徴収なしでしょうか？

＞上場株式等の譲渡所得と、その住民税の源泉徴収額の記載の仕方が分かりません。
＞源泉なしの場合は譲渡益に対しての税金は後から支払う為、どうやって確認（どこで確認）することができるのでしょうか？
特定口座（源泉無し）で譲渡益が出ている場合は、源泉徴収されていないので、譲渡所得等の”住民税の源泉徴収額”は0円ではないでしょうか。
⇒責任持てませんので、税務署、役所に確認お願いします

＞上場株式等の譲渡所得は特定口座（源泉あり）と同じようにプラスになるように？
お持ちの口座が、特定口座（源泉なし）と特定口座（源泉あり）混在しているのであれば、その通りです。
特定口座（源泉なし）のみなのであれば、そもそも全口座申告しなければいけませんので、選択の余地はありません。

＞源泉なしのイメージですが、もともと支払っていなかった税金（所得税、住民税）を後払いします。
＞後払いしたけど、住民税を払いすぎてるから返金するために住民税申告不要とし還付を受ける？
配当については既に源泉徴収されていないでしょうか。

特定口座源泉徴収なしの場合、配当があった場合でも徴収されていない年間取引報告書が送付されます。
その場合は、確定申告作成にて配当を入力していきますが、収入金額等の欄にある配当金額に対して所得税（住民税）が後から徴税され、所得税を支払うこととなります（年間損益＋の場合）
その場合で住民税申告不要を使う場合、どのように記載すればいいのでしょうか？
上場株式等の配当所得等は総合課税、分離課税０円、住民税の源泉徴収額０円
上場株式等の譲渡所得と、その住民税の源泉徴収額の記載の仕方が分かりません。
源泉なしの場合は譲渡益に対しての税金は後から支払う為、どうやって確認（どこで確認）することができるのでしょうか？
上場株式等の譲渡所得は特定口座（源泉あり）と同じようにプラスになるように？

源泉なしのイメージですが、もともと支払っていなかった税金（所得税、住民税）を後払いします。
後払いしたけど、住民税を払いすぎてるから返金するために住民税申告不要とし還付を受ける？
無知で申し訳ございませんが、ご教授願えたらと思います。
お忙しいところ、最後まで読んでいただきありがとうございました。

大変返信が遅くなり申し訳ありません。
確定申告作成コーナーで「所得・所得控除等入力」画面から「入力終了（次へ）」ボタンを押すと還付額or納税額がポップアップ表示されるかと思います。
まず比較するポイントはその額が増えるか減るかですね。
配当の課税方式を切り替えて比較してみて得する方を選択すればよいかと思います。
もちろん住宅ローン減税による税額控除が住民税にシフトしてくれるのであれば総合課税一択でしょう。
⇒すみません、控除の優先順位までは詳しく調べ切れていません。断定的な回答はしかねますので、税務署に確認願います。

譲渡損益総額がマイナスの場合ケースバイケースと思いますが、試算した結果所得税が変わらない場合、総合課税で申告すべきでしょうか？
※ただし総合課税の場合、配当控除があって、控除しきれない住宅ローンが増え、翌年の住民税が安くなるというメリットがあると思います。

私の場合、配当を分離課税にすれば損益通算ができて、一部の税金が戻ってくるという選択もあるかと思いますが、メリットが大きいほうを選択するという認識でよろしいでしょうか？

教えて頂けたら幸いです。

「上場株式等の譲渡所得等」を申告した方がいい理由は損益通算するためです。所得税で申告した所得が配当所得だけだったり、申告した証券会社ごとの譲渡所得が全部プラスの場合は「1.住民税では申告しません」でよいかもしれません。

もしお分かりになりましたら、教えて頂けたら幸いです。

本日、市役所に提出するとき、「1でいいですよ」と言われ、なぜ2じゃないのか聞いてみたのですが、理由が良く分からず＾＾；