るふぃさんTwitterでもお世話になっております。
コメント欄に大量のスパムがきており埋もれておりました・・・。大変返信が遅くなってしまいすみません。

＞ご注意頂きたいのは、利益が20万円以下でも住民税は申告が必要という点です。
＞所得税の確定申告は不要でも、住民税の申告は必要です。
＞また、ふるさと納税をしている場合は、住民税の申告だけではダメで、確定申告が必要になります。
＞つまり、「株をしている＆ふるさと納税をしている」人は、特定口座源泉徴収なしにしているメリットはありません。
＞逆にデメリットとして、確定申告により住民税が上がれば、保育料も上がる可能性があります。
＞※医療費控除を受ける人は、そもそも確定(還付)申告が前提なので、源泉徴収なしにするメリットはありません

こちらはその通りです。補足ありがとうございます。

＞しいて源泉徴収なしのメリットをあげるなら、源泉徴収されない分、確定申告で納税するまで税金分を運用に回せる、ことでしょうか。

この記事の内容は主には所得なしの子供等の確定申告の手間を省きたくてする方法ですね。
まあそれでも住民税は申告が必要ですと言わればそれまでですが、確定申告をしたとしても基礎控除で相殺され、還付、納付なしでしょう。（納付0で税務署が動くことはあり得ないですが監査が入ったとしても追徴なしです）
元々確定申告が苦でないのであれば、おっしゃる通り全部特定口座（源泉徴収あり）でいいですね。

この記事ですが、るふぃさんの指摘も含め少し注意書きを加えた方が良いなと思っておりましたので、後程一部追記しようかと思います。

また、ふるさと納税をしている場合は、住民税の申告だけではダメで、確定申告が必要になります。
つまり、「株をしている＆ふるさと納税をしている」人は、特定口座源泉徴収なしにしているメリットはありません。
逆にデメリットとして、確定申告により住民税が上がれば、保育料も上がる可能性があります。
※医療費控除を受ける人は、そもそも確定(還付)申告が前提なので、源泉徴収なしにするメリットはありません

しいて源泉徴収なしのメリットをあげるなら、源泉徴収されない分、確定申告で納税するまで税金分を運用に回せる、ことでしょうか。

ローリスク戦士さまと似たような家族構成(うちは＋息子)で、似たような投資スタンスです。
これからもよろしくお願いいたします＾＾